Археологічні дослідження на палеолітичних і неолітичних пам`ятках Криму дозволили простежити заключні фази становлення людського суспільства на території України (С.М.Бібіков, Ю.Г.Колосов, В.П.Чабай, Ю.Е.Демиденко, А.І.Євтушенко), а також формування відтворюючого господарства (О.А.Щепинський, О.О.Яневич, В.А.Колотухін, А.Є.Кислий).
Роботи Кримського філіалу в галузі античної археології концентрувалися на дослідженні пам’яток, головним чином Західного Криму, а також в Херсонесі. Вперше у Північному Причорномор’ї відкрито і досліджено залишки театру у Херсонесі (О.І.Домбровський); проведений цикл досліджень Керкінітіди, де відкриті оборонні споруди та житлові квартали V—III ст. до н.е.; значні комплексні розкопки здйснені у Калос-Лімені (В.О.Кутайсов). У східному Криму досліджено фортецю перших ст. н.е. (С.Б.Ланцов). Цикл робіт було присвячено дослідженню пам’яток античної епіграфіки (Е.І.Соломонік).
У сфері інтересів спеціалістів філіалу знаходяться питання формування феодальних міст і замків Криму — Алустон, Мангуп, Судак — будівництво фортифікаційних споруд та «ісарів», ідеологія й культура середньовічного населення. Велика увага приділяється вивченню взаємодії середньовічних держав і міст Криму з Візантією, Київською Руссю, Золотою Ордою, Генуєю, Венецією, Османською імперією (Є.В.Веймарн, І.А.Баранов, В.Л.Миц, В.В.Майко).