Тепер у чотирьох залах музею на площі 500 кв. м експонується близько 10000 предметів, які дають змогу відтворити історію України від моменту появи першої людини до пізнього середеньовіччя. Більшість музейних експонатів є унікальними історичними та мистецькими об’єктами: найдавніший музичний комплекс доби палеоліту з Мізина (близько 18 тис. років), трипільська пластика, модельований череп епохи бронзи, одна з найбільших колекцій античних виробів, слов’яно-руські старожитності (поховальний комплекс із Шестовиць, шиферний рельєф з Михайлівського собору тощо). Експозиція є прекрасним взірцем поєднання фундаментальних досліджень колективу Інституту археології з їх практичним впровадженням.
В аванзалі виставляються щорічні експозиції.
Зал «Ранній Залізний вік» висвітлює історію населення України початку I тис. до н.е. — перших століть нашої ери. Саме тут можна познайомитись з пам’ятками скіфської культури: осілих племен Ліво- та Правобережної України і степових кочовиків. Представлені матеріали із поселень (Більське городище) та курганних поховань. В цьому ж розділі демонструються предмети культури сарматів. Друга половина залу відведена археології античних міст та поселень: Ольвія, Березань, Тіра.
Експозиція музею вдало доповнюється трьома унікальними діорамами: «Поховання знатного скіфа», «Чучин» та «Київ». Місто Володимира».
